O Museu Regional do Iguaçu foi construído em 1987, como uma das medidas de compensação pela instalação da Usina Hidrelétrica Governador Ney Aminthas de Barros Braga, antiga Usina Hidrelétrica de Segredo, no município de Reserva do Iguaçu.
No final da década de 1990, a estrutura começou a ser construída pela Companhia Paranaense de Energia ( Copel), empresa que detinha a concessão para construir e operar a Usina.
A guarda do acervo oriundo dos Programas de Aproveitamento Científico de Flora e Fauna, Salvamento da Memória Cultural e Resgate Arqueológico começou na fase de construção da usina.
O Museu mantém ainda o acervo resgatado nas áreas de influência de outros empreendimentos hidrelétricos da Copel no rio Iguaçu, abrigando um dos mais expressivos acervos regionais do Paraná – com exemplares da fauna e da flora características de cada região banhada pelo rio Iguaçu, além da história das populações ribeirinhas e do aproveitamento do rio para fins de geração de energia.